Năm học 2021 - 2022, cùng với các địa phương trong tỉnh, ngành giáo dục TP Phủ Lý tiếp tục thực hiện chương trình giáo dục phổ thông (GDPT) 2018 với các lớp 1, 2, 6 và đang tích cực chuẩn bị các điều kiện thực hiện Chương trình này đối với lớp 3, lớp 7 và lớp 10 ở năm học 2022 - 2023.